Yayasan Hidayah didirikan pada tahun 1997, tepatnya pada tanggal 22 April 1997. Didirikan oleh 6 orang aktifis dakwah, yaitu Wahid Ahmadi, M. Agung Suryantoro, Sri Widada, Muhni WInarso, Tri Wahyudi JN, dan Choirul Anwar. Yayasan ini didirikan sebagai bentuk kepedulian terhadap kondisi generasi muda Islam saat itu.
Karena kepedulian itulah, Yayasan Hidayah mengambil peran di dunia Pendidikan dengan menyediakan fasilitas Pendidikan berkualitas namun secara biaya dapat dijangkau oleh kaum muslimin dari kalangan menengah ke bawah.
Memulai kiprahnya di bidang Pendidikan, pada tahun 1999, Yayasan Hidayah mendirikan Kelompok Bermain – Taman kanak – kanak Islam Terpadu ( KB – TKIT ) Mutiara Hati, sekaligus sebagai cikal bakal pendirian sekolah sekolah di yayasan Hidayah. Pada saat awal berdiri, jumlah peserta didik waktu itu hanya 9 orang, dengan meminjam garasi orang tua salah satu pendiri Yayasan. Meskipun begitu, di tahun tahun berikutnya, TKIT Mutiara Hati dapat berkembang dengan baik.
Terdorong keinginan untuk menjaga keberlanjutan proses pendidikan bagi siswa siswi TKIT Mutiara Hati, maka pada tahun 2002, yayasan Hidayah mendirikan SDIT Hidayah untuk menampung lulusan TKIT Mutiara Hati, maupun masyarakat yang ingin memasukkan putra putrinya dalam system Pendidikan Islam Terpadu yang disediakan oleh Yayasan Hidayah Klaten. Generasi pertama SDIT hidayah dengan jumlah peserta didik 12 orang, terdiri 9 alumni TKIT Mutiara Hati ditambah 3 orang dari masyarakat.
Sebagai bentuk konsistensi akan konsep Pendidikan Islam Terpadu berkelanjutan, pada tahun 2008, Yayasan Hidayah mendirikan SMPIT Hidayah untuk menampung lulusan SDIT Hidayah. SMPIT Hidayah menyediakan pilihan pada siswa pendaftar untuk memilih program Fullday atau program Boarding ( Pondok ). Hal ini dilakukan untuk mengakomodir siswa yang ingin sekolah sekaligus mondok sebagaimana pondok pesantren,
Pada tahun 2018, untuk mewujudkan konsep Pendidikan Islam Terpadu berkelanjutan, Yayasan Hidayah melengkapi unit pendidikannya dengan mendirikan SMAIT Hidayah. Sebagaimana jenjang SMP, jenjang SMA pun disediakan pilihan bagi siswa untuk memilih program fullday atau program boarding.
Di samping pendirian sekolah sekolah tersebut di atas, yayasan Hidayah juga mendirikan beberapa sekolah sebagai pengembangan / perluasan, khususnya untuk jenjang pra sekolah dan sekolah dasar. Sekolah – sekolah tersebut adalah :
1. TKIT Ceper yang didirikan di desa Kujon kecamatan Ceper pada tahun 2018
2. KB – TKIT Mutiara Hati Klaten Utara didirikan di kecamatan Klaten Utara pada tahun 2018, yang merupakan pemisahan KB – TKIT mutiara hati taman 1 ( Klaten Tengah ) dan TKIT Mutiara Hati taman 2 ( Klaten Utara )
3. SDIT Ngawen didirikan di desa Ngawen kecamatan Ngawen pada tahun 2008
4. SDIT Ceper didirikan di desa Kujon kecamatan Ceper pada tahun 2017
Adapun untuk perkembangan saat ini, Yayasan hidayah alhamdulillah telah memiliki
• 3 TKIT Mutiara Hati : klaten utara 287, ceper 90, klaten tengah 256
• 3 SDIT Hidayah : ceper 234 siswa, belang wetan 557, ngawen 527
• 1 SMPIT Hidayah : 423, termasuk 137 orang siswa program boarding ( pondok )
• 1 SMAIT Hidayah :114 termasuk 36 orang siswa program boarding ( pondok )
• Jumlah guru dan karyawan secara keseluruhan adalah 305 orang
