Yayasan Hidayah didirikan pada tahun 1997, tepatnya pada tanggal 22 April 1997. Didirikan oleh 6 orang aktifis dakwah, yaitu Wahid Ahmadi, M. Agung Suryantoro, Sri Widada, Muhni WInarso, Tri Wahyudi JN, dan Choirul Anwar. Yayasan ini didirikan sebagai bentuk kepedulian terhadap kondisi generasi muda Islam saat itu.
Secara fundamental, pendidikan Islam terpadu berupaya menginternalisasikan nilai- nilai Islam (ruh Islami, jiwa Islam) melalui proses pendidikan Islam ke dalam seluruh aspek pendidikan di sekolah. Tujuan utamanya adalah memadukan nilai-nilai sains dan teknologi dengan keyakinan, kesalehan dalam diri peserta didik